L’església de Santa Maria Magdalena té els seus orígens en el segle XIII. Segons la tradició, en aquest segle s’establí una comunitat d’ermitanes en el puig, vida contemplativa que continua durant el segle XIV. A finals del segle XV s’hi estableixen les monges clarisses. Les monges jerònimes hi arribaren l’any 1530 substituint a les clarisses, però l’estada fou molt curta ja que, a finals de 1534 es traslladaren al monestir de Sant Bartomeu, molt més pròxim al nucli urbà d’Inca.

Des del 1566 fins al 1784 hi va haver, en el puig, una escola de gramàtica. Durant quasi tot el segle XIX les dependències s’abandonen fins que a finals de segle es fan noves construccions entorn a l’església i es reforma el temple seguint el projecte de Bartomeu Ferrà. Entre altres coses es canvia el vell retaule barroc per un nou retaule neogòtic. 

El bisbe Pere Joan Campins i Barceló inaugura les reformes el 22 de juny de 1900. L’any 1911 es construeix la gran cisterna de la clastra, a la qual els ermitans li posaren el coll de pedra amb la inscripció de 1949. L’any 1914 es projectà l’escala que redueix la pujada a l’ermita. L’any 1931 s’hi establiren els ermitans de la congregació de Sant Pau i Sant Antoni que hi residiren fins l’any 1985. La restauració de l’interior del temple finalitzà el 1994. 

Ara, l’església de Santa Maria Magdalena i les dependències que l’envolten pertanyen al bisbat de Mallorca i són administrades per la parròquia de Santa Maria la Major.

Exterior de l'església

L’església de Santa Maria Magdalena, originàriament gòtica del segle XIII, segueix el model de les primeres parròquies mallorquines, construïdes després de la conquesta de Mallorca per Jaume I. La façana és molt senzilla, té el portal recobert per un arc de mig punt amb les dovelles i els brancals de marès. Damunt el portal hi ha un petit rosetó. Acaba en una espadanya on, a l’interior d’un arc, es troba allotjada la campana.

Interior de l'església

Interior de l’esglésiaL’interior, de planta rectangular, té una sola nau dividida en quatre trams per tres arcs diafragmes ogivals de marès. El presbiteri és pla. Està coberta per un enteixinat de fusta. L’espai primitiu era molt més reduït que l’actual.